Beaucoup de systèmes UNIX sont livrés avec un lecteur de disquettes bas-de-gamme compatible avec d'autres systèmes au niveau physique. Suivant les systèmes d'exploitation et la variante d'UNIX, il est possible d'accéder à des systèmes de fichiers différents (par exemple MS-DOS ou OS/2). Si ce support ne se trouve pas en standard, il est souvent possible de porter la suite de logiciels mtools qui permettent d'accéder d'une façon peu transparente (pas d'accès direct aux fichiers, des commandes spécifiques de copie doivent être utilisées). Parmi ces commandes, citons: mdir, mread, mwrite. Certains systèmes offrent une commande pour l'éjection de disquettes: eject. Il est possible d'utiliser certaines variantes de la commande tar pour séparer des archives en petits fichiers (on peut aussi utiliser les commandes split ou sploin, on utilisera alors un simple cat pour réunir les différentes parties du fichier). On peut aussi soit utiliser tar directement sur le périphérique ``physique'' (ou même cp sous certaines réserves, notamment la détection de fin de fichier), une disquette étant considérée comme un fichier sous UNIX, soit monter la disquette (mount) et alors la disquette est considérée commme étant une arborescence. Il ne faut alors plus utiliser le périphérique physique (p.ex. /dev/fd0) mais bien le point de montage spécifié lors du mount).