La meilleure façon de protéger des données est de ne pas les stocker sur des supports que vous n'avez pas dans votre strict et personnel contrôle. Évidemment, il n'est pas toujours nécessaire d'en arriver là. On peut soit jouer sur la confiance, la sécurité du système informatique, ou rendre inutilisables (sans mot de passe supplémentaire) certaines données. Plusieurs programmes de chiffrement sont disponibles, parmi eux crypt et PGP, qui offre un niveau de sécurité supérieur et plus de possibilités grâce au système de clés publiques et privées. Notez cependant que l'utilisation de PGP nécessite une autorisation dans certains pays (voir section pgp_descr).